Universitetit të Gjakovës i është refuzuar akreditimi në tetë programe, gjithsej sa kanë qenë në proces të akreditimit. Gjuhë dhe Letërsi Gjermane, Edukim në Fëmijërinë e Hershme, Fizio-terapi, Bio-teknologji, Pylltari, Marrëdhënie Ndërkombëtare dhe Integrime Evropiane, Administratë Publike, Shkenca Politike, janë programet në bachelor që nuk janë akredituar për këtë Universitet nga Këshilli Shtetëror i Cilësisë në Agjencinë e Kosovës për Akreditim. Lidhur me këtë, krerët e Universitetit të Gjakovës paralajmërojnë ankesë ndaj Agjencisë së Kosovës për Akreditim për mosakreditim të disa prej programeve të reja. Rektori i Universitetit të Gjakovës, Hasan Mujaj, ka thënë se ky vendim i Agjencisë së Kosovës për Akreditim, i cili ende nuk i është dorëzuar zyrtarisht Universitetit, e ka befasuar vetë atë, stafin akademik dhe bordin e këtij Universiteti.
Ndryshe Universiteti i Gjakovës, Fehmi Agani në vitin e parë të studimeve, në afatin e parë të konkursit për vitin akademik 2015-2016, do të regjistrojë 560 studentë të rregullt për Fakulltetin Filologjik, të edukimit dhe atë të mjekësisë. Si shtesë e këtij numri, Universiteti do të regjistrojë edhe 70 studentë të rregullt nga Shqipëria, Maqedonia, Mali i Zi, Presheva, Bujanoci dhe Medvegja, si dhe 35 studentë nga komunitetet jo-shumicë: boshnjakë, turq, romë, ashkali, egjiptianë dhe kroat.
Kështu në vitin e parë të studimeve themelore- baqelor në Universitetin e Gjakovës Fehmi Agani do të regjistrohen në Fakultetin Filologjik, në programin Gjuhë Shqipe 95 studentë e po aq edhe në Letërsi Shqipe . Në programi Gjuhë dhe Letërsi Angleze do të regjistrohen 115 student. Fakulttei i Mjekësisë do të pranoi 85 studentë në programin Infermieri dhe poaq në programin për Mami . Ndërkaq në Fakultetin e Edukimit do të pranohen 230 student gjysma për programin fillor dhe gjysma tjetër për studime në programin parashkollor.
Afati i regjistrimit është deri më 18 korrik të këtij viti
